Het in Vilnius (Litouwen) gevestigde Europees Instituut voor de gelijkheid van vrouwen en mannen werd in december 2006 in het leven geroepen door het Reglement nr. 1922/2006. Het Europees Instituut is belast met het bijstaan van de Europese instellingen en lidstaten bij de tenuitvoerlegging van een doeltreffend gelijkheidsbeleid, met name door in te staan voor de ontwikkeling van passende methodologische instrumenten voor de integratie van het genderperspectief in de gemeenschaps- en nationale beleidslijnen, de verzameling en analyse van objectieve en vergelijkbare gegevens op gemeenschapsniveau en het vergemakkelijken van de dialoog en de uitwisseling van best practices tussen de betrokken instanties.
De huidige Raad van Bestuur heeft een mandaat van 1 juni 2019 tot 31 mei 2022 en is samengesteld uit 18 vertegenwoordig-st-ers van de lidstaten, waaronder België, en een vertegenwoordig-st-er van de Europese Commissie. Michel Pasteel en Liesbet Stevens, directeur en adjunct-directeur van het Instituut voor de gelijkheid van vrouwen en mannen, zetelen voor België in de Raad van Bestuur.
De Zweedse Virginija Langbakk was directrice van 2008 tot en met 2019. Sinds 2020 is de Nederlandse Carlien Scheele directrice.
Het Europees Instituut beschikt ook over een adviesorgaan, het Expertenforum. Het is samengesteld uit onafhankelijke experts uit elke lidstaat uit de academische wereld, de overheidsadministratie, het middenveld en gelijkheidsbevorderende organen en vertegenwoordigers van representatieve organen op Europees niveau. Zijn taak is om het Europees Genderinstituut bij te staan bij het opstellen en uitvoeren van zijn werkprogramma. Het vergadert driemaal per jaar. Ook het Instituut voor de gelijkheid van vrouwen en mannen is er vertegenwoordigd.
Het Europees Instituut is belast met het opstellen van de verslagen die door elk voorzitterschap worden voorgesteld over de indicatoren voor het opvolgen van een thema van het actieplatform van Beijing. Een van de hoofdverwezenlijkingen van het Europees Instituut is de Gender Equality Index, die de gelijkheid van vrouwen en mannen meet, zowel op het niveau van de Unie als op het niveau van elke lidstaat. Deze index bevat gegevens uit zes domeinen: werk, geld, kennis, tijd, macht en gezondheid.
Daarnaast beschikt het Europees Instituut ook over een database met genderstatistieken, een online bibliotheek met bronnen over gendergelijkheid, en een online platform (EuroGender Network) waar genderexperts informatie kunnen uitwisselen en kunnen deelnemen aan online discussies.